Jakub Jan Klunder urodził się 23 lipca 1849 r. w Koślince k. Tucholi w rodzinie rolnika Jana i Franciszki z Chylewskich. Najpierw uczył się w rodzinnej wsi, a po ukończeniu 13 lat dzięki stypendium Towarzystwa Pomocy Naukowej - w gimnazjum chojnickim. Po maturze w 1871 r. rozpoczął studia w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. Widocznie wyróżniał się zdolnościami, skoro został skierowany na Uniwersytet Gregoriański w Rzymie na studia prawa rzymskiego i kanonicznego, które ukończył z tytułem doktora obojga praw. 15 kwietnia 1876 r. przyjął w Bazylice św. Jana na Lateranie święcenia kapłańskie i już w sierpniu wrócił do swojej diecezji.
Po zwycięskiej wojnie1870/1871 r. z Francją kanclerz Bismarck rozpoczął w Prusach Kulturkampf, jak wówczas mówiono „walkę kulturną”, której skutki boleśnie odczuł także Kościół chełmiński. Skutkiem restrykcyjnych tzw. ustaw majowych z 1873 r., które m.in. nakazywały kandydatom na księży studia teologiczne na państwowej uczelni, ks. Klunder po powrocie w ojczyste strony nie mógł pełnić posługi kapłańskiej. Na rok przygarnął go Emil Czarliński, powstaniec z 1863 r., działacz pracy organicznej, dając mu w swoim Brąchnówku k. Chełmży posadę nauczyciela domowego.
Latem 1877 r. ks. Jakub wyjechał do Bawarii, gdzie biskup augsburski Pankratius von Dinkel udzielał azylu księżom i studentom teologii, dla których skutkiem Kulturkampfu nie było miejsca w Prusach. W miasteczku Pfaffenhausen niedaleko Augsburga ks. Jakub pracował jako kapelan. Kiedy wskutek zdecydowanej postawy papieża Leona XIII i poprawy stosunków Rzeszy z Watykanem „walka o kulturę” zaczęła wygasać, także on mógł powrócić do swojej diecezji.
22 maja 1884 r. „Pielgrzym” poinformował czytelników, że „dotychczasowy kooperator augsburskiej dyecezyi* ks. dr Klunder [został] wikarym w Pucku”, a we wrześniu 1885 r. pomorska prasa doniosła o jego „translokacyi” do „Nidborka”. Nidbork to spolszczona nazwa miasta Neidenburg, dzisiejszej Nidzicy. Ks. Jakub przez 4 lata pracował w tym mazurskim miasteczku jako proboszcz parafii Mariackiej, gdzie „dusz katolickich liczono przeszło tysiąc”.
W 1889 r. przybył do Torunia, „gdzie otrzymał 22 b.m. kanoniczną instytucyą* probostwo przy kościele Panny Maryi” („Gazeta Toruńska”, 24 października 1889 r.). W 1897 r. został dziekanem toruńskim. W kwietniu 1901 r. obchodził srebrny jubileusz kapłaństwa, a we wrześniu musiał zeznawać w procesie filomatów, w którym nie obciążył nikogo z oskarżonych (ks. Mross podaje, że 4 lata wcześniej naczelny prezes Prus Zachodnich wymienił go wśród księży agitatorów polskości). Należał do Towarzystwa Naukowego w Toruniu. „Jako proboszcz przy kościele NMP położył wielkie zasługi dookoła konserwacji tego zabytku sztuki gotyckiej” („Słowo Pomorskie, 30 września 1927 r.). W 1905 r. powołany na kanonika gremialnego Kapituły zamieszkał w Pelplinie. Do Torunia miał jeszcze wrócić w 1925 r. z pożegnalną wizytą pasterską.
W stolicy diecezji był także kaznodzieją katedralnym i radcą kurialnym. 6 lipca 1907 r. papież Pius X mianował go biskupem sufraganem chełmińskim, a 15 września pasterz Kościoła chełmińskiego, rodak z Borów Tucholskich, bp Augustyn Rosentreter udzielił mu sakry biskupiej. W 1909 r. bp Klunder został dziekanem Kapituły.
Gdy w 1920 r. Pomorze wracało do Macierzy, przypadła mu rola gospodarza wobec Wojska Polskiego wkraczającego 4 lutego do stolicy diecezji. „Wita jenerała* [Hallera] we drzwiach kościoła diecezjalnego bp sufragan, ks. dr Klunder, Polak, w zastępstwie biskupa Niemca ks. Rosentretera” - czytamy w miesięczniku „Straż nad Wisłą” (kwiecień 1920 r.).
Bp Klunder także uczestniczył w zebraniach Episkopatu Polski. Reporter „Słowa Pomorskiego” (31 maja 1925 r.) w relacji ze Zjazdu Biskupów Polskich w Gnieźnie uraczył czytelników spostrzeżeniem: „(…) biskup Klunder w aureoli srebrnych włosów wygląda jak «świątek» z obrazka”. Wkrótce jego publiczna rola miała się skończyć: Gdy papież nominował prał. Stanisława W. Okoniewskiego na koadiutora biskupa chełmińskiego Rosentretera, bp Klunder złożył rezygnację z funkcji sufragana. Pius X mianował go asystentem tronu papieskiego.
Zmiany personalne na szczycie hierarchii Kościoła chełmińskiego komentowano w prasie całej Polski. 15 listopada 1925 r. anonimowy redaktor „Gazety Bydgoskiej” w tekście „Zmiany w Pelplinie” protekcjonalnie zauważył, że „bp Klunder liczy 77 lat, ma więc wiek zbyt poważny na to, aby mógł podołać obowiązkom pasterza diecezji”, zaś „bp Rosentreter jako Niemiec nie bardzo nadaje się na stanowisko kierownika duchowego polskiego Pomorza”. Z końcem listopada „Gazeta Poznańska”, krakowski „Czas” i warszawski „Dzień Polski” opublikowały tendencyjne artykuły ukazujące w czarnych barwach sytuację Kościoła na Pomorzu, pełne pouczeń i zarzutów o złe zarządzanie diecezją. Stosowny odpór rzekomym znawcom materii kościelnej dało „Słowo Pomorskie”, jednak niesmak pozostał, a ostatnie lata życia biskupów „z poprzedniej epoki” zostały zatrute.
Bp Jakub Jan Klunder odszedł do domu Ojca prawie w 20. rocznicę przyjęcia sakry biskupiej, 20 września 1927 r. 4 dni później spoczął w podziemiach katedry pelplińskiej. Zmarł „po krótkich cierpieniach, kilkakrotnie zasilany sakramentami”, jak napisał w nekrologu zamieszczonym w „Gońcu Nadwiślańskim” jego bratanek ks. Jan Klunder, kuratus parafii Świętego Krzyża w Grudziądzu.

* pisownia oryginalna