Swą decyzję Sąd przyjął 12 czerwca pięcioma głosami przeciwko czterem. Jej prawomocność podważył na konferencji prasowej przewodniczący episkopatu bp Eugenio Arellano. Wskazał on, że dwóch z dziewięciu sędziów nie powinno głosować w tej sprawie, gdyż wcześniej opowiadająli się po jednej ze stron sporu. - Szanujemy decyzję Sądu, ale zrobimy wszystko, co w naszej mocy, by wspierać rodzinę i małżeństwo w rozumieniu Kościoła - oświadczył hierarcha.

Prezydium konferencji episkopatu wydało też notę, w której wskazało, iż decyzja Sądu poważnie narusza bezpieczeństwo prawne kraju i prymat konstytucji, która definiuje małżeństwo jako związek mężczyzny i kobiety. Tymczasem nie pojawiła się propozycja zmiany jej zapisów, do czego potrzebne byłoby referendum lub kwalifikowana większość w Zgromadzeniu Narodowym.

Nota podkreśla, że Kościół z jednej strony „szanuje prawa wszystkich ludzi niezależnie od ich wieku, rasy, płci, religii, orientacji seksualnej czy kultury”, a z drugiej „promuje małżeństwo mężczyzny i kobiety” jako fundamentu rodziny i społeczeństwa, broni „pierwszeństwa praw małoletnich na różnych etapach ich życia”, uczy dzieci i młodzież, że „małżeństwo, zgodnie z wiarą chrześcijańską, jest nierozerwalnym związkiem mężczyzny i kobiety” i że, jako owoc ich miłości, „rodzą się ich dzieci dla dobra społeczeństwa i dla królestwa Bożego”.