Peregrynacja objęła najpierw wszystkie domy zakonne diecezji toruńskiej. Po pielgrzymce Ojca Świętego do Polski w sierpniu 2002 r., 16 września rozpoczęła się peregrynacja w 193 parafiach diecezji. W każdej wspólnocie parafialnej Obraz był witany przed godz. 18.00 i przebywał w niej do godzin popołudniowych następnego dnia. We wszystkich parafiach podczas peregrynacji obecny był Ksiądz Biskup.
Jednym z celów peregrynacji było ożywienie kultu Najświętszego Sakramentu, dlatego podczas obecności Obrazu w parafii trwała Wieczysta Adoracja Najświętszego Sakramentu. W przyszłości każda rocznica peregrynacji będzie dniem adoracji w parafii.
Triduum peregrynacyjne obejmowało: dzień przygotowania, dzień powitania i dzień pożegnania Obrazu. Prowadzili je zapraszani przez proboszczów rekolekcjoniści. W parafiach przez cały czas pobytu Obrazu trwały dyżury kapłanów w konfesjonałach, co zaowocowało wieloma pięknymi przemianami serc. Specjalne godziny czuwania mieli ludzie chorzy i starsi. Podczas rekolekcyjnych rozważań mówiono o różnych wymiarach miłosierdzia, przede wszystkim o obowiązku miłosierdzia chrześcijańskiego. W wielu parafiach przy tej okazji powstały wspólnoty i zespoły charytatywne. Składano także materialne ofiary na dzieła charytatywne podejmowane przez Diecezję Toruńską. Kontynuacją peregrynacji w parafii jest peregrynacja obrazów Jezusa Miłosiernego w rodzinach.
Do uroczystego zakończenia peregrynacji w kościele Miłosierdzia Bożego i św. siostry Faustyny w Toruniu przygotowywał parafian poprzez rekolekcje bp Józef Szamocki. W dniu przyjęcia Obrazu, 15 września, z kościoła wyruszyła procesja na przywitanie wizerunku Jezusa Miłosiernego, której przewodniczył bp Andrzej Suski. Przy śpiewie Święty Boże... uroczyście wprowadzono Obraz do kościoła. Słowa powitania zostały wypowiedziane kolejno przez dzieci, młodzież i dorosłych. Ostatni przemówił proboszcz ks. prał. Stanisław Majewski.
Następnie sekretarz Biskupa Toruńskiego odczytał dekret powołujący Diecezjalne Sanktuarium Miłosierdzia Bożego. W homilii wygłoszonej podczas Mszy św. bp Andrzej Suski przypomniał kolejne stacje peregrynacji: najpierw tę w Watykanie 9 marca 2002 r., potem nawiedzenie domów zakonnych, seminarium i wreszcie peregrynację w parafiach. Skupił się także w swojej refleksji nad ewangelicznym przesłaniem Obrazu. Jezus z tego Wizerunku jest w ruchu, idzie do człowieka, poszukuje go na jego zawiłych i krętych drogach życia. Wskazuje też na swoje serce, z którego wypływają krew i woda, znaki Bożej Miłości. Jezus Miłosierny idzie do człowieka z błogosławieństwem. Unosi otwartą dłoń, przynosząc światu swoją miłość.
Na zakończenie uroczystości Ksiądz Biskup oddał diecezję i parafię w opiekę Miłosierdziu Bożemu; zebrani wspólnie odmówili Koronkę do Miłosierdzia Bożego.
Diecezja toruńska wzbogaciła się o nowe sanktuarium. Od tej chwili w toruńskim kościele rozpocznie się regularna praca nad dalszym rozwojem kultu Miłosierdzia Bożego i stała opieka nad tymi, którzy będą się zwracać do źródła Bożego Miłosierdzia.