Geneza pieszych pielgrzymek z Torunia na Jasną Górę ściśle łączy się z Warszawską Pielgrzymką Pieszą. Wierni z całej Polski, chcąc pieszo wędrować do Częstochowy, musieli wyruszać z Warszawy, bowiem ówczesne władze nie zgadzały się na tworzenie nowych pielgrzymek. Pod względem duszpasterskim prowadzenie ogromnych grup pielgrzymkowych było bardzo trudne, dlatego rodziły się pragnienia, by na wzór pielgrzymki warszawskiej również z innych stron kraju wędrowali pątnicy. Dodatkowym bodźcem był wybór kard. Karola Wojtyły na papieża. Ojciec Święty bardzo prosił wszystkich Polaków o modlitwę w jego intencji. W odpowiedzi na prośby płynące z wielu środowisk ówczesny biskup chełmiński Bernard Czapliński w roku 1979 wyraził zgodę na zorganizowanie Pomorskiej Pieszej Pielgrzymki z Torunia na Jasną Górę. Jej twórcą i pierwszym kierownikiem został ks. Stanisław Kardasz - proboszcz parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Toruniu.
Mimo wielu prób zastraszenia, braku zgody ze strony władz, pielgrzymka wyruszyła 5 sierpnia 1975 r. Wzięło w niej udział ok. 1500 pielgrzymów w trzech grupach: żółtej - toruńskiej, niebieskiej - gdyńskiej i zielonej - chojnickiej. Z pielgrzymami wyruszyło 37 księży. Obawiano się, że milicja zablokuje most na Wiśle, dlatego jako pierwszy szedł bp Bernard Czapliński. Pielgrzymi, poprowadzeni przez ks. Stanisława Kardasza, mimo wielu szykan i trudności dotarli szczęśliwie na Jasną Górę 13 sierpnia 1979 r. W następnym roku szło w pielgrzymce już ok. 4500 pielgrzymów, wśród nich biskup pomocniczy diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej Tadeusz Werno, który swój udział w pielgrzymce powtórzył jeszcze w roku 1981. Od samego początku ludność miast i wiosek położonych na trasie pielgrzymki bardzo gościnnie przyjmowała pątników, mimo ogromnej wysiłku Służby Bezpieczeństwa, która za wszelką cenę próbowała skompromitować pielgrzymów. Ks. prał. Stanisław Kardasz wspomina: "Pracownicy Służby Bezpieczeństwa byli oddelegowani do udziału w pielgrzymce. Nie tylko nagrywali kazania, ale również realizowali swoje prowokacje, np. próbowali dezorganizować łączność, transport, zaopatrzenie. Uszkadzali samochody, kradli lub niszczyli tuby nagłaśniające, namioty, zanieczyszczali żywność i miejsca postojów. Podrzucali materiały pornograficzne, środki antykoncepcyjne i opakowania po narkotykach. Ubrani w strój pielgrzymi, ze wszystkimi znaczkami uczestników pielgrzymki, pili alkohol w barach, by wśród miejscowej ludności zepsuć opinię pielgrzymom". Mimo tych wszystkich przeszkód w kolejnych latach liczba pielgrzymów wzrastała. Do pątników z Torunia włączyli się wierni z diecezji: szczecińskiej, koszalińsko-kołobrzeskiej, gdańskiej i warmińskiej. W IV PPP uczestniczyło 10 tys. pątników. Zachodziła więc konieczność utworzenia nowych pielgrzymek, które na Jasną Górę podążają własną trasą. W roku 1983 powstały Pielgrzymka Gdańska i Pielgrzymka Koszalińsko-Kołobrzeska, w roku 1984 - Pielgrzymka Warmińska, a w roku 1985 - Pielgrzymka Szczecińska.
Stopniowo także poszczególne grupy pielgrzymkowe zamiast dojeżdżać do Torunia środkami komunikacji, przybywały pieszo. Tak powstała m.in. Pielgrzymka Kaszubska, która w 1982 r. wyruszyła ze Swarzewa pod hasłem "600 km za 600-lecie". Wchodząc do Torunia, pielgrzymka ta miała już za sobą 300 km marszu. W roku 1984 grupa "Ziemia Lubawska" wyruszyła osobną trasą, łącząc się z pielgrzymką z Torunia w Szczercowie. Obecnie idzie już jako osobna pielgrzymka.
Nowy podział administracyjny Kościoła w Polsce spowodował także reorganizację pielgrzymki. Grupy kaszubska i gdyńska przeszły do Pielgrzymki Gdańskiej, grupa z Fordonu - do Pielgrzymki Gnieźnieńskiej. Utworzono także Pielgrzymkę Pelplińską, która od Torunia idzie wspólnie z Pielgrzymką Toruńską.
Aktualnie pielgrzymi z Torunia na Jasną Górę idą w grupach: chełmińskiej, grudziądzkiej, wąbrzesko-jabłonowskiej, oraz w trzech grupach toruńskich. Osobną grupę stanowią niepełnosprawni z opiekunami, którym patronuje św. br. Albert Chmielowski, oraz grupa franciszkańska.
W roku 2002 z okazji 10-lecia diecezji toruńskiej Msza św. na rozpoczęcie pielgrzymki została odprawiona w katedrze Świętych Janów w Toruniu i przewodniczył jej jak co roku biskup toruński Andrzej Suski. Wśród pielgrzymów w 2002 r. był także biskup pomocniczy diecezji toruńskiej Józef Szamocki, który każdego dnia towarzyszył innej grupie pątników, głosząc konferencje i pełniąc posługę kapłana-pielgrzyma.
Organizatorem pieszej pielgrzymki i jej kierownikiem do roku 1993 był ks. prał. Stanisław Kardasz - proboszcz parafii pw. Matki Bożej Zwycięskiej w Toruniu. W tym czasie przez cztery lata na skutek nacisków ówczesnych władz musiał zawiesić prowadzenie pielgrzymki i zastępował go ks. prał. Józef Nowakowski - proboszcz parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu. W latach 1994-2000 kolejnym kierownikiem był ks. Władysław Erdmański - proboszcz parafii w Gostkowie. Od 2001 r. pielgrzymkę prowadzi ks. Wojciech Miszewski.
Od 25 lat pielgrzymom towarzyszy główna intencja: "Niesiemy pomoc Ojcu Świętemu". Oprócz niej pielgrzymi modlą się w intencjach diecezji oraz aktualnych spraw w Kościele i świecie, m.in. proszą o nowe i dobre powołania do kapłaństwa i zakonów. Niezmiennie pątnikom towarzyszy duch modlitwy i pokuty oraz serdeczność napotykanych na trasie ludzi.