Po kasacie w 1903 r. klasztoru Panien Benedyktynek w Sandomierzu dawny klasztor wraz z kościołem św. Michała został siedzibą seminarium duchownego. Obrazy, elementy rzeźbiarskie, hafty, dawne naczynia z klasztornej kuchni, meble, wagi z klasztornej apteki przekazane zostało do zbiorów Muzeum Diecezjalnego, które miało wówczas siedzibę w seminarium.

Pamiątki po benedyktynkach prezentowane były w osobnej sali. Zachowane do dziś, eksponowane obecnie w Domu Długosza, pozostają materialnym świadectwem dziejów i duchowości klasztoru. Określają miejsce benedyktynek w historii i kulturze Sandomierza. W historię klasztoru wpisały się burzliwe dzieje miasta i kraju. Klasztor także znosił ciężary wojen, zaborów i kryzysów ekonomicznych. Siostry brały udział w próbach ratowania Ojczyzny, składając na tzw. ofiarę patriotyczną wiele z cennych sprzętów liturgicznych.

W zbiorach Muzeum Diecezjalnego zachował się dawny pastorał ksieni klasztoru, a także żelazne pasy kolczaste – symbol podejmowanego umartwienia. Liczne w muzeum portrety sióstr benedyktynek, zawieszone niegdyś w klasztornym refektarzu, tworzą dziś w muzeum interesującą galerię dokumentującą historię zakonu. Należy wspomnieć o zachowanym ściennym katalogu zmarłych benedyktynek, wykonanym w 1770 r. Jego fundatorem był Paweł Kosiarski, prezydent Sandomierza, a spis aktualizowano do XIX wieku.

Z dawnego ołtarza św. Anny, który ustawiony był niegdyś w kościele św. Michała, w muzeum zachowała się rama ukształtowana ze zwojów ornamentu akantowego, który łączy się z malarskimi przedstawieniami dzieciństwa Maryi. W muzeum znajduje się także dawna krata zakonna, która pierwotnie umieszczona była w kościele św. Michała pod chórem i prowadziła do dolnej kaplicy, gdzie dziś znajduje się grób i oratorium sługi Bożego ks. Wincentego Granata. Są to dzieła dwóch snycerzy małopolskich: Mateusza Roskwitowicza i Franciszka Czernego, którzy w latach 90. XVII wieku tworzyli na potrzeby klasztoru elementy rzeźbiarskie utrzymane w duchu wczesnego baroku.

Cennym zabytkiem jest najstarszy polski fortepian wykonany w 1774 r. przez organmistrza Ignacego Skurskiego na potrzeby prowadzonej przez benedyktynki szkoły. Fortepian jest ważnym elementem w historii ewolucji fortepianów na ziemiach polskich i na świecie. Kolejnym instrumentem pochodzącym z dawnego klasztoru jest pozytyw szkatulny, organy z pierwszego ćwierćwiecza XVII stulecia, które są przystosowane do przenoszenia. Jest to najmniejszy ze znanych pozytywów przenośnych.

Wśród mebli należy wymienić skrzynię z XVII wieku, w której jedna z kandydatek do klasztoru przywiozła wymagany posag. Zachowane licznie w muzeum hafty, przede wszystkim obszycia antepediów (zasłona mensy ołtarza), które powstały w klasztornej pracowni, wypełniają motywy tulipanów, goździków, peonii i hiacyntów. Często nabierają one cech rodzimości, a nawet swojskości, widocznej w niezwykle pogodnej prostocie interpretowania form.

Dzieła sztuki pochodzące z dawnego klasztoru to nie tylko wyraz estetycznych potrzeb, ale przede wszystkim wyrażone w pięknie materii życie duchowe sióstr benedyktynek, którego nieodłączną towarzyszką była również sztuka.