Tylko raz w roku, od uroczystości Wszystkich Świętych do końca listopada, pielgrzymi nawiedzający Jasną Górę mogą wejść do XVII-wiecznej krypty w podziemiach Kaplicy Matki Bożej. Przez wieki chowani byli w niej mnisi paulińscy. Klasztor od początku pełnił funkcję nekropolii – był miejscem grzebania zasłużonych duchownych i świeckich, dobrodziejów sanktuarium.

W krypcie, w niszach wykutych w skale, w 36 wnękach grobowych spoczywają m.in. generałowie Zakonu i przeorowie Jasnej Góry. Można pomodlić się w niej przy grobach trzech wybitnych generałów paulińskiego Zakonu. Pierwszy z nich to o. Pius Przeździecki – niezłomny wobec władz carskich, trzy razy przez nie usuwany z Jasnej Góry, raz nawet na Syberię, za to, że z wielką gorliwością prowadził działalność duszpasterską i społeczną w trudnym okresie niewoli narodowej. Drugim jest o. Piotr Markiewicz, wybitny kaznodzieja i wzór zakonnika zatroskanego o duchowość współbraci. I trzeci – o. Alojzy Wrzalik, opatrznościowy człowiek na nieludzkie czasy niemieckiego i sowieckiego zniewolenia, utalentowany wychowawca młodych pokoleń. Zanim zejdziemy do krypty, stojąc przed jej schodami, spójrzmy jeszcze w lewą stronę. W bocznej ścianie Kaplicy Matki Bożej zobaczymy podświetloną niszę, w której mieści się urna z prochami bohaterskiego paulina, obrońcy Jasnej Góry przed Szwedami – o. Augustyna Kordeckiego. W Kaplicy są także płyty nagrobne świeckich dobrodziejów, np. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej i Stanisława Warszyckiego, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego. Krypty znajdują się również w bazylice jasnogórskiej. Tam także pochowani zostali paulini oraz osoby świeckie zasłużone dla sanktuarium.

Ojcowie Paulini chowani byli na Jasnej Górze do 1968 r. Od tego czasu ich ciała składane są na cmentarzu św. Rocha w Częstochowie, gdzie znajdują się dwa paulińskie grobowce – z wizerunkiem Matki Bożej Częstochowskiej i z figurą Chrystusa Zmartwychwstałego.

Jasna Góra to również miejsce pamięci o bohaterach narodowych. W Kaplicy Pamięci Narodu znajduje się ziemia przesiąknięta krwią narodu polskiego – zebrana z pól bitewnych, miejsc, gdzie toczyły się walki podczas powstań narodowych, wojen światowych, ziemia z Katynia czy kopalni „Wujek”.

Podczas oktawy uroczystości Wszystkich Świętych, czyli od 1 do 8 listopada, można, wypełniając odpowiednie warunki, uzyskać odpust zupełny i ofiarować go w intencji zmarłych. W jasnogórskim sanktuarium można również zamówić wypominki za zmarłych. Msza św. z wypominkami odprawiana jest przez cały listopad. Wypominki przyjmowane są w zakrystii i w punktach zamawiania Mszy św.